Según la tinción de Gram
Esta clasificación da cuenta del espesor de la pared celular mediante un proceso de tinción en el que se distinguirán las bacterias gram positivas de las gram negativas. Las bacterias gram positivas pueden teñirse y lo hacen de color violeta. Estas presentaran una pared celular de mayor espesor.
Las bacterias gram negativas no pueden teñirse con el tinte, por lo que se tornan de color rosado. Estas presentarán una pared celular angosta pero entre dos membranas bilipídicas. Esta clasificación es usada en el ámbito medico para la prescripción de antibióticos.
Según su fuente de carbono
Autótrofas: bacterias que utilizan compuestos inorgánicos como su fuente de energía. No necesitan otros seres vivos para su nutrición
Heterótrofas: bacterias que utilizan compuestos orgánicos producidos por otros organismos como su fuente de energía. Necesitan de otros seres vivos para su nutrición
Según su metabolismo
Aeróbico: bacterias que necesitan del oxígeno para su metabolismo
Anaeróbico: bacterias que no necesitan del oxígeno para su desarrollo.
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